mirror of
https://github.com/biopython/biopython.git
synced 2025-10-20 13:43:47 +08:00
121 lines
6.3 KiB
Python
121 lines
6.3 KiB
Python
# Copyright 2017 by Francesco Gastaldello. All rights reserved.
|
|
#
|
|
# Converted by Francesco Gastaldello from an older unit test copyright 2004
|
|
# by Thomas Hamelryck.
|
|
#
|
|
# This file is part of the Biopython distribution and governed by your
|
|
# choice of the "Biopython License Agreement" or the "BSD 3-Clause License".
|
|
# Please see the LICENSE file that should have been included as part of this
|
|
# package.
|
|
"""Unit tests for the Bio.PDB.Superimposer module."""
|
|
|
|
import unittest
|
|
|
|
try:
|
|
import numpy as np
|
|
except ImportError:
|
|
from Bio import MissingPythonDependencyError
|
|
|
|
raise MissingPythonDependencyError(
|
|
"Install NumPy if you want to use Bio.PDB."
|
|
) from None
|
|
|
|
from Bio.PDB import PDBParser
|
|
from Bio.PDB import Selection
|
|
from Bio.PDB import Superimposer
|
|
|
|
|
|
class SuperimposerTests(unittest.TestCase):
|
|
"""Test Superimposer module."""
|
|
|
|
def test_Superimposer(self):
|
|
"""Test on module that superimpose two protein structures."""
|
|
pdb1 = "PDB/1A8O.pdb"
|
|
p = PDBParser()
|
|
s1 = p.get_structure("FIXED", pdb1)
|
|
fixed = Selection.unfold_entities(s1, "A")
|
|
s2 = p.get_structure("MOVING", pdb1)
|
|
moving = Selection.unfold_entities(s2, "A")
|
|
rot = np.identity(3).astype("f")
|
|
tran = np.array((1.0, 2.0, 3.0), "f")
|
|
for atom in moving:
|
|
atom.transform(rot, tran)
|
|
sup = Superimposer()
|
|
sup.set_atoms(fixed, moving)
|
|
self.assertTrue(np.allclose(sup.rotran[0], np.identity(3)))
|
|
self.assertTrue(np.allclose(sup.rotran[1], np.array([-1.0, -2.0, -3.0])))
|
|
self.assertAlmostEqual(sup.rms, 0.0, places=3)
|
|
# Turn black code style off
|
|
# fmt: off
|
|
atom_list = ["N", "C", "C", "O", "C", "C", "SE", "C", "N", "C", "C",
|
|
"O", "C", "C", "O", "O", "N", "C", "C", "O", "C", "C",
|
|
"C", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "N", "C",
|
|
"N", "N", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "O", "N",
|
|
"N", "C", "C", "O", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C",
|
|
"N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "N", "N", "C",
|
|
"C", "O", "C", "C", "C", "O", "O", "N", "C", "C", "O",
|
|
"C", "C", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C",
|
|
"C", "C", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "N",
|
|
"C", "N", "N", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "O", "O",
|
|
"N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C",
|
|
"O", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "N", "C", "C",
|
|
"O", "C", "C", "O", "O", "N", "C", "C", "O", "C", "C",
|
|
"C", "N", "C", "N", "N", "N", "C", "C", "O", "C", "C",
|
|
"C", "C", "C", "C", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "C",
|
|
"C", "C", "C", "C", "C", "O", "N", "C", "C", "O", "C",
|
|
"C", "C", "C", "N", "N", "C", "C", "O", "C", "O", "C",
|
|
"N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "N", "C", "C",
|
|
"O", "C", "C", "C", "N", "C", "N", "N", "N", "C", "C",
|
|
"O", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "O", "O",
|
|
"N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "O", "N", "N", "C",
|
|
"C", "O", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "O", "N", "C",
|
|
"C", "O", "C", "C", "C", "O", "N", "N", "C", "C", "O",
|
|
"C", "C", "C", "O", "O", "N", "C", "C", "O", "C", "C",
|
|
"C", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "N", "N",
|
|
"C", "C", "O", "C", "C", "O", "N", "N", "C", "C", "O",
|
|
"C", "C", "C", "C", "N", "C", "C", "C", "C", "C", "N",
|
|
"C", "C", "O", "C", "C", "SE", "C", "N", "C", "C", "O",
|
|
"C", "O", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "O",
|
|
"O", "N", "C", "C", "O", "C", "O", "C", "N", "C", "C",
|
|
"O", "C", "C", "C", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "C",
|
|
"C", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "N", "C",
|
|
"C", "O", "C", "C", "C", "O", "N", "N", "C", "C", "O",
|
|
"C", "C", "O", "N", "N", "C", "C", "O", "C", "N", "C",
|
|
"C", "O", "C", "C", "O", "N", "N", "C", "C", "O", "C",
|
|
"C", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "O", "O", "N",
|
|
"C", "C", "O", "C", "S", "N", "C", "C", "O", "C", "C",
|
|
"C", "C", "N", "N", "C", "C", "O", "C", "O", "C", "N",
|
|
"C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "N", "C", "C", "O",
|
|
"C", "C", "C", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C",
|
|
"C", "N", "N", "C", "C", "O", "C", "N", "C", "C", "O",
|
|
"C", "C", "C", "C", "N", "C", "C", "O", "N", "C", "C",
|
|
"O", "C", "C", "C", "N", "C", "C", "O", "N", "C", "C",
|
|
"O", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "O", "C", "N", "C",
|
|
"C", "O", "C", "C", "C", "C", "N", "C", "C", "O", "C",
|
|
"C", "C", "O", "O", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C",
|
|
"O", "O", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "SE", "C", "N",
|
|
"C", "C", "O", "C", "C", "SE", "C", "N", "C", "C", "O",
|
|
"C", "O", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "N", "C", "C",
|
|
"O", "C", "S", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "O",
|
|
"N", "N", "C", "C", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",
|
|
"O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",
|
|
"O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",
|
|
"O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",
|
|
"O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",
|
|
"O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",
|
|
"O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",
|
|
"O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",
|
|
"O", "O", "O", "O", "O", "O"]
|
|
# Turn black code style on
|
|
# fmt: on
|
|
sup.apply(moving)
|
|
atom_moved = []
|
|
for aa in moving:
|
|
atom_moved.append(aa.element)
|
|
self.assertEqual(atom_moved, atom_list)
|
|
|
|
|
|
if __name__ == "__main__":
|
|
runner = unittest.TextTestRunner(verbosity=2)
|
|
unittest.main(testRunner=runner)
|