Command line: [exonerate -m protein2genome gene001_baits.fasta gene001_contigs.fasta --showcigar no --showvulgar no --bestn 1 --refine full]
Hostname: [Michiels-MacBook-Pro.local]

C4 Alignment:
------------
         Query: Morus-gene001
        Target: NODE_1_length_2817_cov_100.387732 SPAdes contig NODE_1:[revcomp]
         Model: protein2genome:local
     Raw score: 1978
   Query range: 48 -> 482
  Target range: 2392 -> 388

   49 : MetValGlnThrProLeuHisValSerAlaGlyAsnAsnArgAlaAspIleValLysPheLe :   69
        |||..!||||||||||||||||||||||||||| !!|||||||||!!:||||||||||||||
        MetThrGlnThrProLeuHisValSerAlaGlyTyrAsnArgAlaGluIleValLysPheLe
 2392 : ATGACACAAACCCCCCTCCACGTGTCTGCTGGTTACAACAGGGCGGAGATAGTTAAATTTCT : 2332

   70 : uLeuGluPheProGlyProGluLysValGluLeuGluAlaLysAsnMet  >>>> Target :   86
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            1
        uLeuGluPheProGlyProGluLysValGluLeuGluAlaLysAsnMet++           
 2331 : TCTTGAGTTTCCAGGGCCAGAGAAGGTTGAGTTGGAAGCCAAGAACATGgt........... : 2279

   87 :  Intron 1 >>>>  TyrGlyGluThrProLeuHisMetAlaAlaLysAsnGlyCysAsnA :  101
        52 bp           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
                      ++TyrGlyGluThrProLeuHisMetAlaAlaLysAsnGlyCysAsnA
 2278 : ..............agTATGGGGAAACTCCTTTGCACATGGCAGCAAAGAATGGATGCAATG : 2084

  102 : spAlaAlaArgLeuLeuLeuAlaHisGlyAlaPheIleGluAlaLysAlaAsn  >>>> Ta :  119
        |||||||||||:!!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         
        spAlaAlaArgValLeuLeuAlaHisGlyAlaPheIleGluAlaLysAlaAsn++       
 2083 : ATGCTGCTCGGGTGCTTCTTGCTCATGGTGCTTTTATTGAAGCCAAAGCAAATgt....... : 2028

  120 : rget Intron 2 >>>>  AsnGlyMetThrProLeuHisLeuAlaValTrpTyrSerLeu :  132
           109 bp           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
                          ++AsnGlyMetThrProLeuHisLeuAlaValTrpTyrSerLeu
 2027 : ..................agAATGGGATGACGCCCCTACACCTTGCTGTCTGGTATTCACTC : 1882

  133 : ArgSerGluAspPheSerThrValLysThrLeuLeuGluTyrAsnAlaAspCysCysAlaGl :  153
         !!|||! !|||! !||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| !!|||||
        CysSerAlaAspCysSerThrValLysThrLeuLeuGluTyrAsnAlaAspCysSerAlaGl
 1881 : TGTTCGGCAGATTGCTCAACTGTAAAGACATTGCTCGAGTACAATGCTGATTGCAGTGCAGA : 1819

  154 : uAspAsn  >>>> Target Intron 3 >>>>  GluGlyLysThrProIleAsnHisLe :  164
        |||||||            86 bp            ||| !!! !||||||:!!||||||||
        uAspAsn++                         ++GluArgMetThrProLeuAsnHisLe
 1818 : GGACAATgt.........................agGAGAGAATGACTCCTCTAAACCATCT : 1700

  165 : uSerLysGlyProGlySerGluLysLeuArgGluLeuLeuValCysHisLeuGluGluGlnA :  185
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| !!!  ||||||||||||||||
        uSerLysGlyProGlySerGluLysLeuArgGluLeuLeuPheLeuHisLeuGluGluGlnA
 1699 : GTCAAAAGGTCCTGGTAGTGAAAAGTTGAGGGAACTATTATTCTTGCACCTTGAAGAGCAGC : 1637

  186 : rgLysArgArgAlaIleGluAlaCysSerGluThrGlnAlaLysMetAspGluLeuGluAsn :  205
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||:!!||||||||||||||||||||||||
        rgLysArgArgAlaIleGluAlaCysSerGluThrLysAlaLysMetAspGluLeuGluAsn
 1636 : GAAAGAGAAGAGCTATTGAAGCATGCAGTGAAACTAAAGCTAAGATGGATGAACTTGAAAAT : 1577

  206 : GluLeuSerAsnIleValGlyLeuAsnAspLeuLysIleGlnLeuArgArgTrpAlaArgGl :  226
        |||||||||||||||||||||||||||!!:||||||||||||||||||!:!|||||||||||
        GluLeuSerAsnIleValGlyLeuAsnGluLeuLysIleGlnLeuArgLysTrpAlaArgGl
 1576 : GAATTATCAAACATAGTGGGCTTGAACGAGCTCAAAATACAATTACGGAAATGGGCAAGGGG : 1514

  227 : yMetLeuLeuAspGluArgArgArgAlaLeuGlyLeuLysValGlyThrArgArgProProH :  247
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        yMetLeuLeuAspGluArgArgArgAlaLeuGlyLeuLysValGlyThrArgArgProProH
 1513 : AATGCTTTTGGATGAAAGGCGTAGGGCCCTCGGTCTAAAAGTTGGTACCCGAAGACCGCCTC : 1451

  248 : isMetAlaPheLeuGlyAsnProGlyThr{G}  >>>> Target Intron 4 >>>>  { :  257
        |||||||||||||||||||||||||||||{|}            222 bp           {
        isMetAlaPheLeuGlyAsnProGlyThr{G}++                         ++{
 1450 : ATATGGCCTTCCTTGGCAACCCTGGAACA{G}gt.........................ag{ : 1198

  258 : ly}LysThrMetValAlaArgValLeuGlyLysLeuLeuHisMetValGlyIleLeuProTh :  277
        ||}|||||||||:!!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        ly}LysThrMetIleAlaArgValLeuGlyLysLeuLeuHisMetValGlyIleLeuProTh
 1197 : GC}AAAACCATGATAGCCCGTGTTCTTGGAAAATTACTCCATATGGTGGGAATTCTACCTAC : 1139

  278 : rAspLysValThrGluValGlnArgThrAspLeuValGlyGluPheValGlyHisThrGlyP :  298
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        rAspLysValThrGluValGlnArgThrAspLeuValGlyGluPheValGlyHisThrGlyP
 1138 : AGACAAGGTAACAGAAGTACAGCGGACTGATTTGGTTGGGGAATTTGTTGGTCATACTGGAC : 1076

  299 : roLysThrArgArgLys  >>>> Target Intron 5 >>>>  IleLysAspAlaGluG :  309
        |||||||||||||||||            133 bp           ||||||||||||||||
        roLysThrArgArgLys++                         ++IleLysAspAlaGluG
 1075 : CAAAAACTAGGAGGAAGgt.........................agATTAAAGATGCAGAAG :  910

  310 : lyGlyIleLeuPheValAspGluAlaTyrArgLeuIleProMetGlnLysAlaAspAspLys :  329
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        lyGlyIleLeuPheValAspGluAlaTyrArgLeuIleProMetGlnLysAlaAspAspLys
  909 : GAGGAATTTTATTTGTGGATGAAGCATACCGATTGATACCCATGCAGAAGGCAGATGATAAG :  850

  330 : AspTyrGlyLeuGluAlaLeuGluGluIleMetSerValMetAspSerArgLysIleValVa :  350
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| !!|||||||||||
        AspTyrGlyLeuGluAlaLeuGluGluIleMetSerValMetAspSerGlyLysIleValVa
  849 : GACTACGGTTTGGAAGCATTAGAAGAGATCATGTCTGTTATGGACAGTGGAAAAATAGTGGT :  787

  351 : lIlePheAlaGlyTyrSerGluProMetLysArgValIleAlaSerAsnGluGlyPheCysA :  371
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        lIlePheAlaGlyTyrSerGluProMetLysArgValIleAlaSerAsnGluGlyPheCysA
  786 : CATATTCGCTGGTTATAGCGAGCCAATGAAACGTGTAATTGCTTCCAATGAAGGTTTCTGCC :  724

  372 : rgArgValThrLysPhePheHisPheAsnAspPheAsnSerGluGluLeuAlaThrIleLeu :  391
        ||||||||||||||||||||||||||:!!||||||||||||||||||||||||!.!||||||
        rgArgValThrLysPhePheHisPheAspAspPheAsnSerGluGluLeuAlaAsnIleLeu
  723 : GAAGGGTTACCAAGTTCTTCCACTTTGATGACTTCAATTCGGAAGAATTAGCGAATATTCTC :  664

  392 : HisLeuLysMetAsnAsnGlnAlaGluAspSerLeuLeuTyrGlyPheLysLeuHisAlaSe :  412
        |||:!!||||||!:!||||||.!!|||!!:||||||||||||||||||||||||||||||||
        HisIleLysMetSerAsnGlnThrGluGluSerLeuLeuTyrGlyPheLysLeuHisAlaSe
  663 : CATATTAAGATGAGTAACCAAACAGAGGAAAGCTTATTGTATGGGTTTAAGTTGCATGCTTC :  601

  413 : rCysThrValGluAlaValAlaGlyLeuIleGlnArgGluThrThrGluLysGlnArgMetG :  433
        |||||||:!!||||||:!!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||! !|
        rCysThrIleGluAlaIleAlaGlyLeuIleGlnArgGluThrThrGluLysGlnArgArgG
  600 : CTGCACCATAGAAGCCATTGCAGGACTGATACAGAGAGAAACAACTGAAAAGCAGCGTAGGG :  538

  434 : luMetAsnGlyGlyLeuValAspProIleLeuValAsnAlaArgGluAsnLeuAspLeuArg :  453
        ||||||||||||||||||||||||||!!:|||||||||||||||||||||||||||||||||
        luMetAsnGlyGlyLeuValAspProMetLeuValAsnAlaArgGluAsnLeuAspLeuArg
  537 : AGATGAATGGAGGCTTAGTAGACCCAATGCTAGTAAACGCCCGAGAAAACTTGGACCTCAGG :  478

  454 : LeuAsnPheAspCysIleAspThrGluGluLeuArgThrIleThrLeuGluAspLeuGluAl :  474
        |||!:!||||||||||||||||||||||||||| !!||||||||||||||||||||||||||
        LeuSerPheAspCysIleAspThrGluGluLeuCysThrIleThrLeuGluAspLeuGluAl
  477 : CTCAGCTTTGACTGCATCGACACCGAAGAACTATGTACAATTACCCTAGAGGATTTAGAAGC :  415

  475 : aGlyIleGlnLeuLeuSerGln*** :  482
        ||||||||||||||||!!!||||||
        aGlyIleGlnLeuLeuThrGln***
  414 : AGGAATTCAGCTTTTGACGCAATGA :  389

-- completed exonerate analysis
