Command line: [exonerate -m ungapped ../scer_cad1.fa /media/Waterloo/Downloads/genomes/scer_s288c/scer_s288c.fa --bestn 3 --showcigar no --showvulgar no]
Hostname: [blackbriar]

C4 Alignment:
------------
         Query: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| Saccharomyces cerevisiae S288c Cad1p (CAD1) mRNA, complete cds
        Target: gi|330443520|ref|NC_001136.10| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence:[revcomp]
         Model: ungapped:dna2dna
     Raw score: 6150
   Query range: 0 -> 1230
  Target range: 1319275 -> 1318045

       1 : ATGGGCAATATCCTTCGGAAAGGTCAGCAAATATATTTAGCAGGTGACATGAAGAA :      56
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1319275 : ATGGGCAATATCCTTCGGAAAGGTCAGCAAATATATTTAGCAGGTGACATGAAGAA : 1319220

      57 : GCAAATGTTGCTAAATAAAGATGGAACACCTAAGAGGAAGGTGGGCAGACCAGGCA :     112
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1319219 : GCAAATGTTGCTAAATAAAGATGGAACACCTAAGAGGAAGGTGGGCAGACCAGGCA : 1319164

     113 : GAAAAAGGATTGACTCTGAAGCTAAGAGTAGGAGGACTGCCCAGAATAGGGCAGCT :     168
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1319163 : GAAAAAGGATTGACTCTGAAGCTAAGAGTAGGAGGACTGCCCAGAATAGGGCAGCT : 1319108

     169 : CAACGAGCGTTCCGAGATAGGAAAGAAGCCAAAATGAAGAGTTTGCAAGAGAGGGT :     224
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1319107 : CAACGAGCGTTCCGAGATAGGAAAGAAGCCAAAATGAAGAGTTTGCAAGAGAGGGT : 1319052

     225 : AGAGTTACTAGAACAGAAAGATGCGCAGAATAAGACTACCACGGACTTTTTACTAT :     280
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1319051 : AGAGTTACTAGAACAGAAAGATGCGCAGAATAAGACTACCACGGACTTTTTACTAT : 1318996

     281 : GTTCTTTAAAAAGTTTACTGTCGGAAATTACAAAATATAGAGCTAAGAATTCTGAT :     336
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318995 : GTTCTTTAAAAAGTTTACTGTCGGAAATTACAAAATATAGAGCTAAGAATTCTGAT : 1318940

     337 : GATGAAAGAATATTAGCCTTCCTCGATGATCTGCAAGAACAACAGAAAAGGGAAAA :     392
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318939 : GATGAAAGAATATTAGCCTTCCTCGATGATCTGCAAGAACAACAGAAAAGGGAAAA : 1318884

     393 : CGAAAAAGGAACAAGTACAGCAGTTAGCAAGGCTGCAAAGGAATTGCCATCGCCTA :     448
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318883 : CGAAAAAGGAACAAGTACAGCAGTTAGCAAGGCTGCAAAGGAATTGCCATCGCCTA : 1318828

     449 : ATTCAGATGAAAACATGACTGTGAACACAAGTATAGAAGTACAGCCGCACACTCAA :     504
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318827 : ATTCAGATGAAAACATGACTGTGAACACAAGTATAGAAGTACAGCCGCACACTCAA : 1318772

     505 : GAGAATGAGAAAGTTATGTGGAACATAGGCTCATGGAACGCTCCCAGTTTAACCAA :     560
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318771 : GAGAATGAGAAAGTTATGTGGAACATAGGCTCATGGAACGCTCCCAGTTTAACCAA : 1318716

     561 : TTCGTGGGATTCTCCCCCCGGAAATCGAACAGGTGCCGTTACCATCGGTGACGAAA :     616
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318715 : TTCGTGGGATTCTCCCCCCGGAAATCGAACAGGTGCCGTTACCATCGGTGACGAAA : 1318660

     617 : GTATTAATGGTAGTGAAATGCCAGATTTCAGTCTCGATCTTGTCTCCAATGATAGA :     672
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318659 : GTATTAATGGTAGTGAAATGCCAGATTTCAGTCTCGATCTTGTCTCCAATGATAGA : 1318604

     673 : CAGACTGGTCTAGAAGCTTTAGATTACGACATTCATAACTACTTTCCTCAGCACTC :     728
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318603 : CAGACTGGTCTAGAAGCTTTAGATTACGACATTCATAACTACTTTCCTCAGCACTC : 1318548

     729 : TGAACGCCTGACCGCTGAAAAAATAGATACGTCAGCATGTCAATGTGAAATTGACC :     784
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318547 : TGAACGCCTGACCGCTGAAAAAATAGATACGTCAGCATGTCAATGTGAAATTGACC : 1318492

     785 : AAAAGTATCTTCCATACGAGACAGAAGATGATACTTTATTCCCCAGCGTGCTTCCC :     840
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318491 : AAAAGTATCTTCCATACGAGACAGAAGATGATACTTTATTCCCCAGCGTGCTTCCC : 1318436

     841 : CTTGCTGTAGGGAGCCAGTGTAATAATATTTGCAACCGCAAGTGTATCGGGACCAA :     896
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318435 : CTTGCTGTAGGGAGCCAGTGTAATAATATTTGCAACCGCAAGTGTATCGGGACCAA : 1318380

     897 : ACCATGTTCAAATAAGGAGATCAAATGCGACTTAATAACAAGCCACCTGTTGAATC :     952
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318379 : ACCATGTTCAAATAAGGAGATCAAATGCGACTTAATAACAAGCCACCTGTTGAATC : 1318324

     953 : AGAAATCTCTAGCTTCGGTGCTTCCGGTGGCTGCTTCTCATACTAAAACAATTCGA :    1008
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318323 : AGAAATCTCTAGCTTCGGTGCTTCCGGTGGCTGCTTCTCATACTAAAACAATTCGA : 1318268

    1009 : ACCCAATCTGAAGCAATTGAACACATTAGCAGCGCCATATCGAATGGAAAAGCGTC :    1064
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318267 : ACCCAATCTGAAGCAATTGAACACATTAGCAGCGCCATATCGAATGGAAAAGCGTC : 1318212

    1065 : TTGCTACCACATTCTCGAAGAGATCTCCTCCCTACCAAAATATTCATCGTTGGACA :    1120
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318211 : TTGCTACCACATTCTCGAAGAGATCTCCTCCCTACCAAAATATTCATCGTTGGACA : 1318156

    1121 : TAGATGATTTATGCAGCGAATTAATAATCAAGGCAAAATGTACAGATGACTGCAAA :    1176
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318155 : TAGATGATTTATGCAGCGAATTAATAATCAAGGCAAAATGTACAGATGACTGCAAA : 1318100

    1177 : ATAGTAGTCAAAGCTCGCGACTTACAGAGTGCTCTGGTTAGACAGCTCCTGTAG :    1230
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318099 : ATAGTAGTCAAAGCTCGCGACTTACAGAGTGCTCTGGTTAGACAGCTCCTGTAG : 1318046


C4 Alignment:
------------
         Query: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| Saccharomyces cerevisiae S288c Cad1p (CAD1) mRNA, complete cds
        Target: gi|330443688|ref|NC_001145.3| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIII, complete sequence
         Model: ungapped:dna2dna
     Raw score: 233
   Query range: 121 -> 236
  Target range: 254031 -> 254146

    122 : TTGACTCTGAAGCTAAGAGTAGGAGGACTGCCCAGAATAGGGCAGCTCAACGAGCGTT :    179
          | ||  ||||| |||||   | |||||||||||| ||| |||| |||||| |||| ||
 254032 : TGGATCCTGAAACTAAGCAGAAGAGGACTGCCCAAAATCGGGCCGCTCAAAGAGCTTT : 254089

    180 : CCGAGATAGGAAAGAAGCCAAAATGAAGAGTTTGCAAGAGAGGGTAGAGTTACTAGA :    236
            | ||  | || ||    || ||||||   ||| |  ||| |||| |     ||||
 254090 : TAGGGAACGTAAGGAGAGGAAGATGAAGGAATTGGAGAAGAAGGTACAAAGTTTAGA : 254146


C4 Alignment:
------------
         Query: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| Saccharomyces cerevisiae S288c Cad1p (CAD1) mRNA, complete cds
        Target: gi|330443688|ref|NC_001145.3| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIII, complete sequence
         Model: ungapped:dna2dna
     Raw score: 151
   Query range: 1098 -> 1166
  Target range: 255671 -> 255739

   1099 : CCAAAATATTCATCGTTGGACATAGATGATTTATGCAGCGAATTAATAATCAAGGCAA :   1156
          || ||||| |||    | ||  | |||| ||||||   |||  ||||    |||||||
 255672 : CCGAAATACTCAGATATTGATGTCGATGGTTTATGTTCCGAGCTAATGGCAAAGGCAA : 255729

   1157 : AATGTACAGA :   1166
          ||||| ||||
 255730 : AATGTTCAGA : 255739

-- completed exonerate analysis
