Command line: [exonerate -m cdna2genome ../scer_cad1.fa /media/Waterloo/Downloads/genomes/scer_s288c/scer_s288c.fa --bestn 3 --showcigar no --showvulgar no]
Hostname: [blackbriar]

C4 Alignment:
------------
         Query: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| Saccharomyces cerevisiae S288c Cad1p (CAD1) mRNA, complete cds
        Target: gi|330443520|ref|NC_001136.10| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence:[revcomp]
         Model: cdna2genome
     Raw score: 6146
   Query range: 0 -> 1230
  Target range: 1319275 -> 1318045

       1 :  TGG                                                     :      56
           ATrpGCAATATCCTTCGGAAAGGTCAGCAAATATATTTAGCAGGTGACATGAAGAA
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           ATrpGCAATATCCTTCGGAAAGGTCAGCAAATATATTTAGCAGGTGACATGAAGAA
 1319275 :  TGG                                                     : 1319220

      57 : GCAAATGTTGCTAAATAAAGATGGAACACCTAAGAGGAAGGTGGGCAGACCAGGCA :     112
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1319219 : GCAAATGTTGCTAAATAAAGATGGAACACCTAAGAGGAAGGTGGGCAGACCAGGCA : 1319164

     113 : GAAAAAGGATTGACTCTGAAGCTAAGAGTAGGAGGACTGCCCAGAATAGGGCAGCT :     168
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1319163 : GAAAAAGGATTGACTCTGAAGCTAAGAGTAGGAGGACTGCCCAGAATAGGGCAGCT : 1319108

     169 : CAACGAGCGTTCCGAGATAGGAAAGAAGCCAAAATGAAGAGTTTGCAAGAGAGGGT :     224
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1319107 : CAACGAGCGTTCCGAGATAGGAAAGAAGCCAAAATGAAGAGTTTGCAAGAGAGGGT : 1319052

     225 : AGAGTTACTAGAACAGAAAGATGCGCAGAATAAGACTACCACGGACTTTTTACTAT :     280
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1319051 : AGAGTTACTAGAACAGAAAGATGCGCAGAATAAGACTACCACGGACTTTTTACTAT : 1318996

     281 : GTTCTTTAAAAAGTTTACTGTCGGAAATTACAAAATATAGAGCTAAGAATTCTGAT :     336
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318995 : GTTCTTTAAAAAGTTTACTGTCGGAAATTACAAAATATAGAGCTAAGAATTCTGAT : 1318940

     337 : GATGAAAGAATATTAGCCTTCCTCGATGATCTGCAAGAACAACAGAAAAGGGAAAA :     392
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318939 : GATGAAAGAATATTAGCCTTCCTCGATGATCTGCAAGAACAACAGAAAAGGGAAAA : 1318884

     393 : CGAAAAAGGAACAAGTACAGCAGTTAGCAAGGCTGCAAAGGAATTGCCATCGCCTA :     448
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318883 : CGAAAAAGGAACAAGTACAGCAGTTAGCAAGGCTGCAAAGGAATTGCCATCGCCTA : 1318828

     449 : ATTCAGATGAAAACATGACTGTGAACACAAGTATAGAAGTACAGCCGCACACTCAA :     504
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318827 : ATTCAGATGAAAACATGACTGTGAACACAAGTATAGAAGTACAGCCGCACACTCAA : 1318772

     505 : GAGAATGAGAAAGTTATGTGGAACATAGGCTCATGGAACGCTCCCAGTTTAACCAA :     560
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318771 : GAGAATGAGAAAGTTATGTGGAACATAGGCTCATGGAACGCTCCCAGTTTAACCAA : 1318716

     561 : TTCGTGGGATTCTCCCCCCGGAAATCGAACAGGTGCCGTTACCATCGGTGACGAAA :     616
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318715 : TTCGTGGGATTCTCCCCCCGGAAATCGAACAGGTGCCGTTACCATCGGTGACGAAA : 1318660

     617 : GTATTAATGGTAGTGAAATGCCAGATTTCAGTCTCGATCTTGTCTCCAATGATAGA :     672
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318659 : GTATTAATGGTAGTGAAATGCCAGATTTCAGTCTCGATCTTGTCTCCAATGATAGA : 1318604

     673 : CAGACTGGTCTAGAAGCTTTAGATTACGACATTCATAACTACTTTCCTCAGCACTC :     728
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318603 : CAGACTGGTCTAGAAGCTTTAGATTACGACATTCATAACTACTTTCCTCAGCACTC : 1318548

     729 : TGAACGCCTGACCGCTGAAAAAATAGATACGTCAGCATGTCAATGTGAAATTGACC :     784
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318547 : TGAACGCCTGACCGCTGAAAAAATAGATACGTCAGCATGTCAATGTGAAATTGACC : 1318492

     785 : AAAAGTATCTTCCATACGAGACAGAAGATGATACTTTATTCCCCAGCGTGCTTCCC :     840
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318491 : AAAAGTATCTTCCATACGAGACAGAAGATGATACTTTATTCCCCAGCGTGCTTCCC : 1318436

     841 : CTTGCTGTAGGGAGCCAGTGTAATAATATTTGCAACCGCAAGTGTATCGGGACCAA :     896
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318435 : CTTGCTGTAGGGAGCCAGTGTAATAATATTTGCAACCGCAAGTGTATCGGGACCAA : 1318380

     897 : ACCATGTTCAAATAAGGAGATCAAATGCGACTTAATAACAAGCCACCTGTTGAATC :     952
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318379 : ACCATGTTCAAATAAGGAGATCAAATGCGACTTAATAACAAGCCACCTGTTGAATC : 1318324

     953 : AGAAATCTCTAGCTTCGGTGCTTCCGGTGGCTGCTTCTCATACTAAAACAATTCGA :    1008
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318323 : AGAAATCTCTAGCTTCGGTGCTTCCGGTGGCTGCTTCTCATACTAAAACAATTCGA : 1318268

    1009 : ACCCAATCTGAAGCAATTGAACACATTAGCAGCGCCATATCGAATGGAAAAGCGTC :    1064
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318267 : ACCCAATCTGAAGCAATTGAACACATTAGCAGCGCCATATCGAATGGAAAAGCGTC : 1318212

    1065 : TTGCTACCACATTCTCGAAGAGATCTCCTCCCTACCAAAATATTCATCGTTGGACA :    1120
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318211 : TTGCTACCACATTCTCGAAGAGATCTCCTCCCTACCAAAATATTCATCGTTGGACA : 1318156

    1121 : TAGATGATTTATGCAGCGAATTAATAATCAAGGCAAAATGTACAGATGACTGCAAA :    1176
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318155 : TAGATGATTTATGCAGCGAATTAATAATCAAGGCAAAATGTACAGATGACTGCAAA : 1318100

    1177 : ATAGTAGTCAAAGCTCGCGACTTACAGAGTGCTCTGGTTAGACAGCTCCTGTAG :    1230
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318099 : ATAGTAGTCAAAGCTCGCGACTTACAGAGTGCTCTGGTTAGACAGCTCCTGTAG : 1318046


C4 Alignment:
------------
         Query: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| Saccharomyces cerevisiae S288c Cad1p (CAD1) mRNA, complete cds:[revcomp]
        Target: gi|330443520|ref|NC_001136.10| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence
         Model: cdna2genome
     Raw score: 6146
   Query range: 1230 -> 0
  Target range: 1318045 -> 1319275

    1230 : CTACAGGAGCTGTCTAACCAGAGCACTCTGTAAGTCGCGAGCTTTGACTACTATTT :    1175
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318046 : CTACAGGAGCTGTCTAACCAGAGCACTCTGTAAGTCGCGAGCTTTGACTACTATTT : 1318101

    1174 : TGCAGTCATCTGTACATTTTGCCTTGATTATTAATTCGCTGCATAAATCATCTATG :    1119
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318102 : TGCAGTCATCTGTACATTTTGCCTTGATTATTAATTCGCTGCATAAATCATCTATG : 1318157

    1118 :                  TGG                                     :    1063
           TCCAACGATGAATATTTTrpTAGGGAGGAGATCTCTTCGAGAATGTGGTAGCAAGA
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           TCCAACGATGAATATTTTrpTAGGGAGGAGATCTCTTCGAGAATGTGGTAGCAAGA
 1318158 :                  TGG                                     : 1318213

    1062 : CGCTTTTCCATTCGATATGGCGCTGCTAATGTGTTCAATTGCTTCAGATTGGGTTC :    1007
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318214 : CGCTTTTCCATTCGATATGGCGCTGCTAATGTGTTCAATTGCTTCAGATTGGGTTC : 1318269

    1006 : GAATTGTTTTAGTATGAGAAGCAGCCACCGGAAGCACCGAAGCTAGAGATTTCTGA :     951
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318270 : GAATTGTTTTAGTATGAGAAGCAGCCACCGGAAGCACCGAAGCTAGAGATTTCTGA : 1318325

     950 : TTCAACAGGTGGCTTGTTATTAAGTCGCATTTGATCTCCTTATTTGAACATGGTTT :     895
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318326 : TTCAACAGGTGGCTTGTTATTAAGTCGCATTTGATCTCCTTATTTGAACATGGTTT : 1318381

     894 : GGTCCCGATACACTTGCGGTTGCAAATATTATTACACTGGCTCCCTACAGCAAGGG :     839
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318382 : GGTCCCGATACACTTGCGGTTGCAAATATTATTACACTGGCTCCCTACAGCAAGGG : 1318437

     838 : GAAGCACGCTGGGGAATAAAGTATCATCTTCTGTCTCGTATGGAAGATACTTTTGG :     783
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318438 : GAAGCACGCTGGGGAATAAAGTATCATCTTCTGTCTCGTATGGAAGATACTTTTGG : 1318493

     782 : TCAATTTCACATTGACATGCTGACGTATCTATTTTTTCAGCGGTCAGGCGTTCAGA :     727
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318494 : TCAATTTCACATTGACATGCTGACGTATCTATTTTTTCAGCGGTCAGGCGTTCAGA : 1318549

     726 : GTGCTGAGGAAAGTAGTTATGAATGTCGTAATCTAAAGCTTCTAGACCAGTCTGTC :     671
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318550 : GTGCTGAGGAAAGTAGTTATGAATGTCGTAATCTAAAGCTTCTAGACCAGTCTGTC : 1318605

     670 : TATCATTGGAGACAAGATCGAGACTGAAATCTGGCATTTCACTACCATTAATACTT :     615
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318606 : TATCATTGGAGACAAGATCGAGACTGAAATCTGGCATTTCACTACCATTAATACTT : 1318661

     614 : TCGTCACCGATGGTAACGGCACCTGTTCGATTTCCGGGGGGAGAATCCCACGAATT :     559
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318662 : TCGTCACCGATGGTAACGGCACCTGTTCGATTTCCGGGGGGAGAATCCCACGAATT : 1318717

     558 : GGTTAAACTGGGAGCGTTCCATGAGCCTATGTTCCACATAACTTTCTCATTCTCTT :     503
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318718 : GGTTAAACTGGGAGCGTTCCATGAGCCTATGTTCCACATAACTTTCTCATTCTCTT : 1318773

     502 : GAGTGTGCGGCTGTACTTCTATACTTGTGTTCACAGTCATGTTTTCATCTGAATTA :     447
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318774 : GAGTGTGCGGCTGTACTTCTATACTTGTGTTCACAGTCATGTTTTCATCTGAATTA : 1318829

     446 : GGCGATGGCAATTCCTTTGCAGCCTTGCTAACTGCTGTACTTGTTCCTTTTTCGTT :     391
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318830 : GGCGATGGCAATTCCTTTGCAGCCTTGCTAACTGCTGTACTTGTTCCTTTTTCGTT : 1318885

     390 : TTCCCTTTTCTGTTGTTCTTGCAGATCATCGAGGAAGGCTAATATTCTTTCATCAT :     335
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318886 : TTCCCTTTTCTGTTGTTCTTGCAGATCATCGAGGAAGGCTAATATTCTTTCATCAT : 1318941

     334 : CAGAATTCTTAGCTCTATATTTTGTAATTTCCGACAGTAAACTTTTTAAAGAACAT :     279
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318942 : CAGAATTCTTAGCTCTATATTTTGTAATTTCCGACAGTAAACTTTTTAAAGAACAT : 1318997

     278 : AGTAAAAAGTCCGTGGTAGTCTTATTCTGCGCATCTTTCTGTTCTAGTAACTCTAC :     223
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318998 : AGTAAAAAGTCCGTGGTAGTCTTATTCTGCGCATCTTTCTGTTCTAGTAACTCTAC : 1319053

     222 : CCTCTCTTGCAAACTCTTCATTTTGGCTTCTTTCCTATCTCGGAACGCTCGTTGAG :     167
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1319054 : CCTCTCTTGCAAACTCTTCATTTTGGCTTCTTTCCTATCTCGGAACGCTCGTTGAG : 1319109

     166 : CTGCCCTATTCTGGGCAGTCCTCCTACTCTTAGCTTCAGAGTCAATCCTTTTTCTG :     111
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1319110 : CTGCCCTATTCTGGGCAGTCCTCCTACTCTTAGCTTCAGAGTCAATCCTTTTTCTG : 1319165

     110 : CCTGGTCTGCCCACCTTCCTCTTAGGTGTTCCATCTTTATTTAGCAACATTTGCTT :      55
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1319166 : CCTGGTCTGCCCACCTTCCTCTTAGGTGTTCCATCTTTATTTAGCAACATTTGCTT : 1319221

      54 : CTTCATGTCACCTGCTAAATATATTTGCTGACCTTTCCGAAGGATATTGCCCAT :       1
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1319222 : CTTCATGTCACCTGCTAAATATATTTGCTGACCTTTCCGAAGGATATTGCCCAT : 1319275


C4 Alignment:
------------
         Query: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| Saccharomyces cerevisiae S288c Cad1p (CAD1) mRNA, complete cds
        Target: gi|330443688|ref|NC_001145.3| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIII, complete sequence
         Model: cdna2genome
     Raw score: 518
   Query range: 0 -> 516
  Target range: 85010 -> 667216

      1 : ATGGGCAATATCCTTCGGAAAGGTCAGCAAATATATTTAGCAGGTGACATGAAGAAGC :     58
          ||||  ||  | ||||   | ||||||  |||| | | | ||||    ||||||||||
  85011 : ATGGTGAACCT-CTTCAAGACGGTCAG--AATA-A-TCAACAGG----ATGAAGAAGC :  85059

     59 : AAATGTT  >>>> Target Intron 1 >>>>  GCTA-AATAAAGATGGAACACC :     86
          ||| | |++        168908 bp        -+|| |  |||  ||  | | |||
  85060 : AAAAGATgt.........................tgGCGAGGATAGCGA--GCA-ACC : 253993

     87 : TAAGAGGAAGGTGGGCAGACCAGGCAGAAA--AAGGATT-GACTCTGAAGCTAAGAGT :    141
           |||| |||||   ||| | |  ||| |||  |||  || ||  ||||| |||||   
 253994 : GAAGAAGAAGGGTAGCAAAACTAGCAAAAAGCAAGATTTGGATCCTGAAACTAAGCAG : 254051

    142 : AGGAGGACTGCCCAGAATAGGGCAGCTCAACGAGCGTTCCGAGATAGGAAAGAAGCCA :    199
          | |||||||||||| ||| |||| |||||| |||| ||  | ||  | || ||    |
 254052 : AAGAGGACTGCCCAAAATCGGGCCGCTCAAAGAGCTTTTAGGGAACGTAAGGAGAGGA : 254109

    200 : AAATGAAGAGTTTGCAAGAGAGGGTA  >>>> Target Intron 2 >>>>  GAG :    228
          | ||||||   ||| |  ||| ||||--         96824 bp        -+| |
 254110 : AGATGAAGGAATTGGAGAAGAAGGTAca.........................tgGGG : 350962

    229 : TTACTAGAACA--GAAAGATGCGCAGAATA--AGACTACCACGGACTT-TTTACTATG :    281
          | | || | ||      |||| |  |||||   ||  |||||   |||  |||  |||
 350963 : TGATTATATCATTTCTGGATGAG--GAATACCTGAAGACCAC--TCTTCATTAAAATG : 351016

    282 : TTCTTTAAAAAGTTTACTGTCGGAAAT-TACAAAATATAG  >>>> Target Intr :    321
          ||||||||||| | | || | ||| || | | |    |||-+        122118 b
 351017 : TTCTTTAAAAA-TATTCTTTTGGATATATTCTA---CTAGtt................ : 351055

    322 : on 3 >>>>  AGCTAAGAATTCTGATGATG-----AAAGAA  >>>> Target In :    347
          p        ++|   |||||||||||| |||     ||||||-+        193839
 351056 : .........agATGGAAGAATTCTGATAATGCTGTAAAAGAAat.............. : 473204

    348 :                                                         AG :    385
          tron 4 >>>>  TATTAGCCTTCC--TCGATGATCTGCA--A-GAACAACAGAAAAr
           bp        ++|  |||| || |  ||||| | || ||  | ||| | |  ||   
          ...........agTCATAGCGTTACGTTCGAT-ACCTTCACTACGAAGATCCAAACSe
 473205 :                                                         TC : 667083

    386 : GGAAAACGAAAAAGGAACAAGTACAGCAGTTAGCAAGGCTGCAAAGGAATTGCCATCG :    442
          gGluAsnGluLysGlyThrSerThrAlaValSerLysAlaAlaLysGluLeuProSer
              :::......!  ! !      .!. !    ...  !:!:...   +|+||+:!:
          rPheSerSerSerAspLysPheLeuThrPhePheSerLeuSerSerPheLeuProThr
 667084 : TTTTTCTAGTTCCGATAAATTCCTTACCTTCTTTTCACTTTCCTCTTTTCTCCCTACA : 667140

    443 : CCTAATTCAGATGAA                                            :    499
          ProAsnSerAspGluAACATGACTGT-GA-ACA-CAAGTATAGAAGTACAGCCGCACA
           !! ! ..!   ..!|||||| |||| || | | |   |||||||||||||     ||
          Thr***GlnThrSerAACATG-CTGTAGATAGAGCTTCTATAGAAGTACAGTTATTCA
 667141 : ACTTAGCAAACGTCA                                            : 667199

    500 : CTCAAGAGAATGAGAAA :    516
            ||| | ||  | |||
 667200 : AACAAAAAAAAAAAAAA : 667216

-- completed exonerate analysis
