Command line: [exonerate -m ner ../scer_cad1.fa /media/Waterloo/Downloads/genomes/scer_s288c/scer_s288c.fa --bestn 3 --showcigar no --showvulgar no]
Hostname: [blackbriar]

C4 Alignment:
------------
         Query: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| Saccharomyces cerevisiae S288c Cad1p (CAD1) mRNA, complete cds
        Target: gi|330443520|ref|NC_001136.10| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence:[revcomp]
         Model: NER:affine:local:dna2dna
     Raw score: 6150
   Query range: 0 -> 1230
  Target range: 1319275 -> 1318045

       1 : ATGGGCAATATCCTTCGGAAAGGTCAGCAAATATATTTAGCAGGTGACATGAAGAA :      56
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1319275 : ATGGGCAATATCCTTCGGAAAGGTCAGCAAATATATTTAGCAGGTGACATGAAGAA : 1319220

      57 : GCAAATGTTGCTAAATAAAGATGGAACACCTAAGAGGAAGGTGGGCAGACCAGGCA :     112
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1319219 : GCAAATGTTGCTAAATAAAGATGGAACACCTAAGAGGAAGGTGGGCAGACCAGGCA : 1319164

     113 : GAAAAAGGATTGACTCTGAAGCTAAGAGTAGGAGGACTGCCCAGAATAGGGCAGCT :     168
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1319163 : GAAAAAGGATTGACTCTGAAGCTAAGAGTAGGAGGACTGCCCAGAATAGGGCAGCT : 1319108

     169 : CAACGAGCGTTCCGAGATAGGAAAGAAGCCAAAATGAAGAGTTTGCAAGAGAGGGT :     224
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1319107 : CAACGAGCGTTCCGAGATAGGAAAGAAGCCAAAATGAAGAGTTTGCAAGAGAGGGT : 1319052

     225 : AGAGTTACTAGAACAGAAAGATGCGCAGAATAAGACTACCACGGACTTTTTACTAT :     280
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1319051 : AGAGTTACTAGAACAGAAAGATGCGCAGAATAAGACTACCACGGACTTTTTACTAT : 1318996

     281 : GTTCTTTAAAAAGTTTACTGTCGGAAATTACAAAATATAGAGCTAAGAATTCTGAT :     336
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318995 : GTTCTTTAAAAAGTTTACTGTCGGAAATTACAAAATATAGAGCTAAGAATTCTGAT : 1318940

     337 : GATGAAAGAATATTAGCCTTCCTCGATGATCTGCAAGAACAACAGAAAAGGGAAAA :     392
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318939 : GATGAAAGAATATTAGCCTTCCTCGATGATCTGCAAGAACAACAGAAAAGGGAAAA : 1318884

     393 : CGAAAAAGGAACAAGTACAGCAGTTAGCAAGGCTGCAAAGGAATTGCCATCGCCTA :     448
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318883 : CGAAAAAGGAACAAGTACAGCAGTTAGCAAGGCTGCAAAGGAATTGCCATCGCCTA : 1318828

     449 : ATTCAGATGAAAACATGACTGTGAACACAAGTATAGAAGTACAGCCGCACACTCAA :     504
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318827 : ATTCAGATGAAAACATGACTGTGAACACAAGTATAGAAGTACAGCCGCACACTCAA : 1318772

     505 : GAGAATGAGAAAGTTATGTGGAACATAGGCTCATGGAACGCTCCCAGTTTAACCAA :     560
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318771 : GAGAATGAGAAAGTTATGTGGAACATAGGCTCATGGAACGCTCCCAGTTTAACCAA : 1318716

     561 : TTCGTGGGATTCTCCCCCCGGAAATCGAACAGGTGCCGTTACCATCGGTGACGAAA :     616
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318715 : TTCGTGGGATTCTCCCCCCGGAAATCGAACAGGTGCCGTTACCATCGGTGACGAAA : 1318660

     617 : GTATTAATGGTAGTGAAATGCCAGATTTCAGTCTCGATCTTGTCTCCAATGATAGA :     672
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318659 : GTATTAATGGTAGTGAAATGCCAGATTTCAGTCTCGATCTTGTCTCCAATGATAGA : 1318604

     673 : CAGACTGGTCTAGAAGCTTTAGATTACGACATTCATAACTACTTTCCTCAGCACTC :     728
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318603 : CAGACTGGTCTAGAAGCTTTAGATTACGACATTCATAACTACTTTCCTCAGCACTC : 1318548

     729 : TGAACGCCTGACCGCTGAAAAAATAGATACGTCAGCATGTCAATGTGAAATTGACC :     784
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318547 : TGAACGCCTGACCGCTGAAAAAATAGATACGTCAGCATGTCAATGTGAAATTGACC : 1318492

     785 : AAAAGTATCTTCCATACGAGACAGAAGATGATACTTTATTCCCCAGCGTGCTTCCC :     840
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318491 : AAAAGTATCTTCCATACGAGACAGAAGATGATACTTTATTCCCCAGCGTGCTTCCC : 1318436

     841 : CTTGCTGTAGGGAGCCAGTGTAATAATATTTGCAACCGCAAGTGTATCGGGACCAA :     896
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318435 : CTTGCTGTAGGGAGCCAGTGTAATAATATTTGCAACCGCAAGTGTATCGGGACCAA : 1318380

     897 : ACCATGTTCAAATAAGGAGATCAAATGCGACTTAATAACAAGCCACCTGTTGAATC :     952
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318379 : ACCATGTTCAAATAAGGAGATCAAATGCGACTTAATAACAAGCCACCTGTTGAATC : 1318324

     953 : AGAAATCTCTAGCTTCGGTGCTTCCGGTGGCTGCTTCTCATACTAAAACAATTCGA :    1008
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318323 : AGAAATCTCTAGCTTCGGTGCTTCCGGTGGCTGCTTCTCATACTAAAACAATTCGA : 1318268

    1009 : ACCCAATCTGAAGCAATTGAACACATTAGCAGCGCCATATCGAATGGAAAAGCGTC :    1064
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318267 : ACCCAATCTGAAGCAATTGAACACATTAGCAGCGCCATATCGAATGGAAAAGCGTC : 1318212

    1065 : TTGCTACCACATTCTCGAAGAGATCTCCTCCCTACCAAAATATTCATCGTTGGACA :    1120
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318211 : TTGCTACCACATTCTCGAAGAGATCTCCTCCCTACCAAAATATTCATCGTTGGACA : 1318156

    1121 : TAGATGATTTATGCAGCGAATTAATAATCAAGGCAAAATGTACAGATGACTGCAAA :    1176
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318155 : TAGATGATTTATGCAGCGAATTAATAATCAAGGCAAAATGTACAGATGACTGCAAA : 1318100

    1177 : ATAGTAGTCAAAGCTCGCGACTTACAGAGTGCTCTGGTTAGACAGCTCCTGTAG :    1230
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1318099 : ATAGTAGTCAAAGCTCGCGACTTACAGAGTGCTCTGGTTAGACAGCTCCTGTAG : 1318046


C4 Alignment:
------------
         Query: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| Saccharomyces cerevisiae S288c Cad1p (CAD1) mRNA, complete cds
        Target: gi|330443681|ref|NC_001144.5| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XII, complete sequence
         Model: NER:affine:local:dna2dna
     Raw score: 502
   Query range: 110 -> 1230
  Target range: 297910 -> 318994

    111 : CAGAAAA--<   31  >--CTGCCCAGAAT--<   10  >--AACGAGCGTTCCG- :    184
          | |||||--< NER 1 >--| ||||| | |--< NER 2 >--|||  | ||||||-
 297911 : CTGAAAA--<   29  >--CCGCCCAAAGT--<   13  >--AACTGGAGTTCCG- : 297993

    185 : -<   2   >--ATAGGAAAGAAGC--<   30  >--GTTA-CTAGAAC-AGAAAG- :    246
          -< NER 3 >--|| || |||| ||--< NER 4 >--|||| | ||||| | ||||-
 297994 : -<   9   >--ATTGG-AAGATGC--<   15  >--GTTATCAAGAACAATAAAG- : 298050

    247 : -<   11  >--AAGACT--<   5   >--GGACTTTTTACTATGTTC--<   12  :    286
          -< NER 5 >--||||||--< NER 6 >--| ||| || ||| |  ||--< NER 7
 298051 : -<   11  >--AAGACT--<   10  >--GCACTATTCACTGTCCTC--<   12  : 298096

    287 :  >--ACTGTCGGAAAT--<   1   >--ACAAAATATAGAGCTAA--GAAT-TCTGA :    335
           >--||  ||  ||||--< NER 8 >--|||||| | | |||| |  || | | |||
 298097 :  >--ACATTCTCAAAT--<   10  >--ACAAAA-AAACAGCTGATTGATTATTTGA : 298145

    336 : TGAT--<  369  >--AACTACTT--<   12   >--TGAACG--<   10   >- :    736
          ||| --< NER 9 >--| || |||--< NER 10 >--|||| |--< NER 11 >-
 298146 : TGAA--< 20288 >--AGCTTCTT--<    9   >--TGAAAG--<   16   >- : 318477

    737 : -GAAAAAATAGATACGTCAGCATG--<   11   >--TTGACCAAAAGTATCTTCCA :    798
          -||| ||||| ||  | || | ||--< NER 12 >--|||||    | |  |||| |
 318478 : -GAATAAATACAT--GGCACCTTG--<    6   >--TTGACATTCAATGCCTTCTA : 318523

    799 : TACGAG--<   12   >--ACTTT--<   11   >--TGCTTCCCCTTGC--<    :    847
           | |||--< NER 13 >--|||||--< NER 14 >--| | ||||||| |--< NE
 318524 : -AAGAG--<   37   >--ACTTT--<   41   >--TTCCTCCCCTTCC--<    : 318631

    848 : 44   >--GGACCAA--<   19   >--ATCAAATGCGACTTAA--<    9   >- :    933
          R 15 >--|||| ||--< NER 16 >--||||||| | ||  ||--< NER 17 >-
 318632 :  6   >--GGACGAA--<    2   >--ATCAAAT-CAACCAAA--<    5   >- : 318660

    934 : -ACCTGT--<    7   >--GAAATC--<    1   >--CTAGCTTC--<   11  :    970
          -||||||--< NER 18 >--||||||--< NER 19 >--|||| |||--< NER 2
 318661 : -ACCTGT--<   16   >--GAAATC--<    4   >--CTAGTTTC--<    9  : 318709

    971 :   >--TGGCTGCTTCTCAT--<   13   >--GAACCCAAT--<    1   >--TG :   1018
          0 >--|| || | ||||||--< NER 21 >--||| ||| |--< NER 22 >--||
 318710 :   >--TGTCT-CATCTCAT--<    4   >--GAATCCAGT--<    8   >--TG : 318744

   1019 : AAGC--<    2   >--TTGAACACATT-AGCAG--<    7   >--TCGAATGGA :   1056
           |||--< NER 23 >--|||| |||||| | |||--< NER 24 >--|||||| | 
 318745 : TAGC--<    7   >--TTGACCACATTCACCAG--<   15   >--TCGAAT-GC : 318795

   1057 : AAAGCGTCTTGCTACCACATTCTCGAA--<    9   >--TCCCT--<    2   > :   1099
          ||||   || |||   ||||| |||||--< NER 25 >--|||||--< NER 26 >
 318796 : AAAGAAGCTAGCT-GAACATTATCGAA--<   13   >--TCCCT--<   12   > : 318852

   1100 : --CAAAATATTCATCGTTGGA--<    3   >--AGATGATTT--<    3   >-- :   1132
          --|||||| ||| || | | |--< NER 27 >--|||| ||||--< NER 28 >--
 318853 : --CAAAATTTTCTTCATAGAA--<   19   >--AGAT-ATTT--<   16   >-- : 318914

   1133 : CAGCGA--<   17   >--AATGTACAG--<    2   >--GACTGCAAAA--<   :   1179
          |||| |--< NER 29 >--| ||||| |--< NER 30 >--|||| |||||--< N
 318915 : CAGCTA--<    5   >--ACTGTACCG--<   11   >--GACTTCAAAA--<   : 318960

   1180 :  10   >--AGCTCGCGACTTA--<   10   >--TGGTTAGACAGCTCCTGTAG :   1230
          ER 31 >--||||   |||| |--< NER 32 >--|| |  ||||||||||||||
 318961 :   5   >--AGCTATAGACTCA--<    2   >--TGATAGGACAGCTCCTGTAG : 318994


C4 Alignment:
------------
         Query: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| Saccharomyces cerevisiae S288c Cad1p (CAD1) mRNA, complete cds
        Target: gi|330443520|ref|NC_001136.10| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence
         Model: NER:affine:local:dna2dna
     Raw score: 440
   Query range: 509 -> 1192
  Target range: 183946 -> 184603

    510 : TGAGA--<   23  >--TGGAACGCTC--<   20  >--GATTCTCCCCCCGGAAA :    584
          |||||--< NER 1 >--|| |||  ||--< NER 2 >--||  |||   | | |||
 183947 : TGAGA--<   26  >--TGAAACTGTC--<   15  >--GAAGCTCTTTCAGAAAA : 184019

    585 : TCGAACAGGTG--<   12  >--GTGACGAAAG--<   19  >--CCAGATTTCAG :    647
           | |||  |||--< NER 3 >--|||| || ||--< NER 4 >--|| |||| || 
 184020 : GCCAACTCGTG--<   14  >--GTGAAGACAG--<   12  >--CCGGATTACAA : 184077

    648 : TCT--<   17  >--ATAGACAGACTGGTC--<   1   >--AGAAGCT-TTAGAT :    696
          |||--< NER 5 >--| ||| || |  |||--< NER 6 >--|||| ||   ||||
 184078 : TCT--<   12  >--AGAGAAAGGCAAGTC--<   4   >--AGAAACTGGCAGAT : 184125

    697 : -TACGACATTCATAACTACTTTC--<   19  >--GACCGCTGA--<   2   >-- :    748
           |  ||| || | ||  | ||||--< NER 7 >--| |||||||--< NER 8 >--
 184126 : CTTGGAC-TTGAAAAGGAGTTTC--<   22  >--GGCCGCTGA--<   12  >-- : 184191

    749 : AAAT--AGATACGTCAGCAT--<   11  >--ATTGACCAAAAGTA--<    6    :    793
          ||||  |||| | |||||||--< NER 9 >--||| || |||| ||--< NER 10 
 184192 : AAATGCAGAT-CATCAGCAT--<   2   >--ATT-ACGAAAACTA--<   15    : 184240

    794 : >--ATACGAGACAGA--<    6   >--TACTTTATTCCCCAGCGT--<   10    :    835
          >--| || ||| |||--< NER 11 >--||||   ||  ||||| |--< NER 12 
 184241 : >--AAACCAGAAAGA--<   20   >--TACTAGGTT-ACCAGCTT--<   11    : 184300

    836 : >--GCTGT--<   13   >--AATAATATTTGCAACCGCAAG--<   20   >--T :    903
          >--|||||--< NER 13 >--|| || |  || || | || |--< NER 14 >--|
 184301 : >--GCTGT--<   11   >--AAGAAGACATGGAAACCCAGG--<   10   >--T : 184347

    904 : TCAAATAAGGAGATCAA--<    7   >--TTAATAACAAG--<   19   >--TC :    959
          ||||| ||| |||  ||--< NER 15 >--|||| || |||--< NER 16 >--| 
 184348 : TCAAAGAAGAAGAAGAA--<    2   >--TTAAAAAGAAG--<   16   >--TG : 184395

    960 : TCTAGCTTCGGTGCTT-CCGG--TGGCTGCTTCTCATAC--<   15   >--CCAAT :   1015
          |||| ||   |  ||| ||||   || ||  ||| ||||--< NER 17 >--| |||
 184396 : TCTA-CTAGAGAACTTGCCGGCAAGGTTGGGTCT-ATAC--<    7   >--CAAAT : 184444

   1016 : CTGAA--<    2   >--AATTGAACA--<   19   >--AATGGAAAAGCGTCTT :   1066
          ||| |--< NER 18 >--||||| | |--< NER 19 >--| ||| |||| ||   
 184445 : CTGGA--<   14   >--AATTGGAAA--<   13   >--ATTGGCAAAG-GTGCC : 184500

   1067 : GCTACCACATTCT--<   20   >--CAAAATATT--<   14   >--GATGATTT :   1130
          |  |||||||| |--< NER 20 >--||| || ||--< NER 21 >--||||||  
 184501 : GAAACCACATTTT--<    2   >--CAAGATGTT--<   18   >--GATGATGC : 184550

   1131 : AT--GCAGCGAA--<    7   >--TCAAGGC--<   13   >--GACTGCAAAAT :   1178
          ||   ||||| |--< NER 22 >--|| ||||--< NER 23 >--||| | |||||
 184551 : ATCCTCAGCGGA--<    3   >--TCTAGGC--<    6   >--GACGGTAAAAT : 184589

   1179 : AGTAGTCAAAGCTC :   1192
          |||||||| | |||
 184590 : AGTAGTCACACCTC : 184603

-- completed exonerate analysis
