Command line: [exonerate -m protein2genome ../scer_cad1_prot.fa /media/Waterloo/Downloads/genomes/scer_s288c/scer_s288c.fa --bestn 3 --showcigar no --showvulgar no]
Hostname: [blackbriar]

C4 Alignment:
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         Query: sp|P24813|YAP2_YEAST AP-1-like transcription activator YAP2 OS=Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) GN=CAD1 PE=1 SV=2
        Target: gi|330443520|ref|NC_001136.10| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence:[revcomp]
         Model: protein2genome:local
     Raw score: 2105
   Query range: 0 -> 409
  Target range: 1319275 -> 1318048

       1 : MetGlyAsnIleLeuArgLysGlyGlnGlnIleTyrLeuAlaGlyAspMetLysLy :      19
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           MetGlyAsnIleLeuArgLysGlyGlnGlnIleTyrLeuAlaGlyAspMetLysLy
 1319275 : ATGGGCAATATCCTTCGGAAAGGTCAGCAAATATATTTAGCAGGTGACATGAAGAA : 1319221

      20 : sGlnMetLeuLeuAsnLysAspGlyThrProLysArgLysValGlyArgProGlyA :      38
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           sGlnMetLeuLeuAsnLysAspGlyThrProLysArgLysValGlyArgProGlyA
 1319220 : GCAAATGTTGCTAAATAAAGATGGAACACCTAAGAGGAAGGTGGGCAGACCAGGCA : 1319164

      39 : rgLysArgIleAspSerGluAlaLysSerArgArgThrAlaGlnAsnArgAlaAla :      56
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           rgLysArgIleAspSerGluAlaLysSerArgArgThrAlaGlnAsnArgAlaAla
 1319163 : GAAAAAGGATTGACTCTGAAGCTAAGAGTAGGAGGACTGCCCAGAATAGGGCAGCT : 1319110

      57 : GlnArgAlaPheArgAspArgLysGluAlaLysMetLysSerLeuGlnGluArgVa :      75
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           GlnArgAlaPheArgAspArgLysGluAlaLysMetLysSerLeuGlnGluArgVa
 1319109 : CAACGAGCGTTCCGAGATAGGAAAGAAGCCAAAATGAAGAGTTTGCAAGAGAGGGT : 1319053

      76 : lGluLeuLeuGluGlnLysAspAlaGlnAsnLysThrThrThrAspPheLeuLeuC :      94
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           lGluLeuLeuGluGlnLysAspAlaGlnAsnLysThrThrThrAspPheLeuLeuC
 1319052 : AGAGTTACTAGAACAGAAAGATGCGCAGAATAAGACTACCACGGACTTTTTACTAT : 1318996

      95 : ysSerLeuLysSerLeuLeuSerGluIleThrLysTyrArgAlaLysAsnSerAsp :     112
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           ysSerLeuLysSerLeuLeuSerGluIleThrLysTyrArgAlaLysAsnSerAsp
 1318995 : GTTCTTTAAAAAGTTTACTGTCGGAAATTACAAAATATAGAGCTAAGAATTCTGAT : 1318942

     113 : AspGluArgIleLeuAlaPheLeuAspAspLeuGlnGluGlnGlnLysArgGluAs :     131
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           AspGluArgIleLeuAlaPheLeuAspAspLeuGlnGluGlnGlnLysArgGluAs
 1318941 : GATGAAAGAATATTAGCCTTCCTCGATGATCTGCAAGAACAACAGAAAAGGGAAAA : 1318885

     132 : nGluLysGlyThrSerThrAlaValSerLysAlaAlaLysGluLeuProSerProA :     150
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           nGluLysGlyThrSerThrAlaValSerLysAlaAlaLysGluLeuProSerProA
 1318884 : CGAAAAAGGAACAAGTACAGCAGTTAGCAAGGCTGCAAAGGAATTGCCATCGCCTA : 1318828

     151 : snSerAspGluAsnMetThrValAsnThrSerIleGluValGlnProHisThrGln :     168
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           snSerAspGluAsnMetThrValAsnThrSerIleGluValGlnProHisThrGln
 1318827 : ATTCAGATGAAAACATGACTGTGAACACAAGTATAGAAGTACAGCCGCACACTCAA : 1318774

     169 : GluAsnGluLysValMetTrpAsnIleGlySerTrpAsnAlaProSerLeuThrAs :     187
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           GluAsnGluLysValMetTrpAsnIleGlySerTrpAsnAlaProSerLeuThrAs
 1318773 : GAGAATGAGAAAGTTATGTGGAACATAGGCTCATGGAACGCTCCCAGTTTAACCAA : 1318717

     188 : nSerTrpAspSerProProGlyAsnArgThrGlyAlaValThrIleGlyAspGluS :     206
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           nSerTrpAspSerProProGlyAsnArgThrGlyAlaValThrIleGlyAspGluS
 1318716 : TTCGTGGGATTCTCCCCCCGGAAATCGAACAGGTGCCGTTACCATCGGTGACGAAA : 1318660

     207 : erIleAsnGlySerGluMetProAspPheSerLeuAspLeuValSerAsnAspArg :     224
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           erIleAsnGlySerGluMetProAspPheSerLeuAspLeuValSerAsnAspArg
 1318659 : GTATTAATGGTAGTGAAATGCCAGATTTCAGTCTCGATCTTGTCTCCAATGATAGA : 1318606

     225 : GlnThrGlyLeuGluAlaLeuAspTyrAspIleHisAsnTyrPheProGlnHisSe :     243
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           GlnThrGlyLeuGluAlaLeuAspTyrAspIleHisAsnTyrPheProGlnHisSe
 1318605 : CAGACTGGTCTAGAAGCTTTAGATTACGACATTCATAACTACTTTCCTCAGCACTC : 1318549

     244 : rGluArgLeuThrAlaGluLysIleAspThrSerAlaCysGlnCysGluIleAspG :     262
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           rGluArgLeuThrAlaGluLysIleAspThrSerAlaCysGlnCysGluIleAspG
 1318548 : TGAACGCCTGACCGCTGAAAAAATAGATACGTCAGCATGTCAATGTGAAATTGACC : 1318492

     263 : lnLysTyrLeuProTyrGluThrGluAspAspThrLeuPheProSerValLeuPro :     280
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           lnLysTyrLeuProTyrGluThrGluAspAspThrLeuPheProSerValLeuPro
 1318491 : AAAAGTATCTTCCATACGAGACAGAAGATGATACTTTATTCCCCAGCGTGCTTCCC : 1318438

     281 : LeuAlaValGlySerGlnCysAsnAsnIleCysAsnArgLysCysIleGlyThrLy :     299
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           LeuAlaValGlySerGlnCysAsnAsnIleCysAsnArgLysCysIleGlyThrLy
 1318437 : CTTGCTGTAGGGAGCCAGTGTAATAATATTTGCAACCGCAAGTGTATCGGGACCAA : 1318381

     300 : sProCysSerAsnLysGluIleLysCysAspLeuIleThrSerHisLeuLeuAsnG :     318
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           sProCysSerAsnLysGluIleLysCysAspLeuIleThrSerHisLeuLeuAsnG
 1318380 : ACCATGTTCAAATAAGGAGATCAAATGCGACTTAATAACAAGCCACCTGTTGAATC : 1318324

     319 : lnLysSerLeuAlaSerValLeuProValAlaAlaSerHisThrLysThrIleArg :     336
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           lnLysSerLeuAlaSerValLeuProValAlaAlaSerHisThrLysThrIleArg
 1318323 : AGAAATCTCTAGCTTCGGTGCTTCCGGTGGCTGCTTCTCATACTAAAACAATTCGA : 1318270

     337 : ThrGlnSerGluAlaIleGluHisIleSerSerAlaIleSerAsnGlyLysAlaSe :     355
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           ThrGlnSerGluAlaIleGluHisIleSerSerAlaIleSerAsnGlyLysAlaSe
 1318269 : ACCCAATCTGAAGCAATTGAACACATTAGCAGCGCCATATCGAATGGAAAAGCGTC : 1318213

     356 : rCysTyrHisIleLeuGluGluIleSerSerLeuProLysTyrSerSerLeuAspI :     374
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           rCysTyrHisIleLeuGluGluIleSerSerLeuProLysTyrSerSerLeuAspI
 1318212 : TTGCTACCACATTCTCGAAGAGATCTCCTCCCTACCAAAATATTCATCGTTGGACA : 1318156

     375 : leAspAspLeuCysSerGluLeuIleIleLysAlaLysCysThrAspAspCysLys :     392
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           leAspAspLeuCysSerGluLeuIleIleLysAlaLysCysThrAspAspCysLys
 1318155 : TAGATGATTTATGCAGCGAATTAATAATCAAGGCAAAATGTACAGATGACTGCAAA : 1318102

     393 : IleValValLysAlaArgAspLeuGlnSerAlaLeuValArgGlnLeuLeu :     409
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           IleValValLysAlaArgAspLeuGlnSerAlaLeuValArgGlnLeuLeu
 1318101 : ATAGTAGTCAAAGCTCGCGACTTACAGAGTGCTCTGGTTAGACAGCTCCTG : 1318049


C4 Alignment:
------------
         Query: sp|P24813|YAP2_YEAST AP-1-like transcription activator YAP2 OS=Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) GN=CAD1 PE=1 SV=2
        Target: gi|330443688|ref|NC_001145.3| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIII, complete sequence
         Model: protein2genome:local
     Raw score: 205
   Query range: 28 -> 120
  Target range: 253991 -> 254270

     29 : ProLysArgLysValGlyArgProGlyArgLysArg<->IleAspSerGluAlaLysS :     47
          ||||||!:!|||! !.!!!:! !!.!!!:!|||!:!   :!:||| !!|||.!!|||.
          ProLysLysLysGlySerLysThrSerLysLysGlnAspLeuAspProGluThrLysG
 253992 : CCGAAGAAGAAGGGTAGCAAAACTAGCAAAAAGCAAGATTTGGATCCTGAAACTAAGC : 254049

     48 : erArgArgThrAlaGlnAsnArgAlaAlaGlnArgAlaPheArgAspArgLysGluAl :     66
          .!!:!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||!!:|||||||||  
          lnLysArgThrAlaGlnAsnArgAlaAlaGlnArgAlaPheArgGluArgLysGluAr
 254050 : AGAAGAGGACTGCCCAAAATCGGGCCGCTCAAAGAGCTTTTAGGGAACGTAAGGAGAG : 254106

     67 : aLysMetLysSerLeuGlnGluArgValGluLeuLeuGluGlnLysAspAlaGlnAsn :     85
          !|||||||||..!|||:!!:!!!:!|||:!!  !||||||...!  .!.  !||||||
          gLysMetLysGluLeuGluLysLysValGlnSerLeuGluSerIleGlnGlnGlnAsn
 254107 : GAAGATGAAGGAATTGGAGAAGAAGGTACAAAGTTTAGAGAGTATTCAGCAGCAAAAT : 254163

     86 : LysThrThrThrAspPheLeuLeuCysSerLeuLysSerLeuLeuSerGluIleThrL :    105
          :!!..!  !.!!  !||||||  !  !..!|||!  !!!|||:!!!:!|||:!!! !|
          GluValGluAlaThrPheLeuArgAspGlnLeuIleThrLeuValAsnGluLeuLysL
 254164 : GAAGTGGAAGCTACTTTTTTGAGGGACCAGTTAATCACTCTGGTGAATGAGTTAAAAA : 254223

    106 : ysTyrArgAlaLysAsnSerAspAspGluArgIleLeuAlaPheLeu :    120
          |||||||| !!:!!!..!!!:!!|||..!!:!:!:|||! !!:!|||
          ysTyrArgProGluThrArgAsnAspSerLysValLeuGluTyrLeu
 254224 : AATATAGACCAGAGACAAGAAATGACTCAAAAGTGCTGGAATATTTA : 254270


C4 Alignment:
------------
         Query: sp|P24813|YAP2_YEAST AP-1-like transcription activator YAP2 OS=Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) GN=CAD1 PE=1 SV=2
        Target: gi|330443590|ref|NC_001140.6| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VIII, complete sequence:[revcomp]
         Model: protein2genome:local
     Raw score: 122
   Query range: 37 -> 125
  Target range: 84646 -> 68450

    38 : ArgLysArgIleAspSerGluAlaLysSerArgArgThrAlaGlnAsnArgAlaAlaGln :    57
         !.!:!!!.!:!!   ..!!!::!!|||:!!!:!!:!! !|||||||||||||||||||||
         AsnGluAsnValProAspAspSerLysAlaLysLysLysAlaGlnAsnArgAlaAlaGln
 84646 : AATGAGAATGTTCCAGATGACTCTAAGGCAAAGAAAAAGGCTCAAAACAGAGCCGCCCAA : 84589

    58 : ArgAlaPheArgAspArgLysGluAlaLysMetLysSerLeuGlnGluArg{Va}  >>> :    75
         !:!|||||||||!!:||||||||||||!:!||||||..!||||||!!:!:!{:!}     
         LysAlaPheArgGluArgLysGluAlaArgMetLysGluLeuGlnAspLys{Le}++   
 84588 : AAAGCCTTCAGAGAGAGAAAAGAAGCCAGAATGAAAGAATTACAAGATAAA{TT}gt... : 84531

    76 : > Target Intron 1 >>>>  {l}GluLeuLeuGluGlnLysAspAlaGlnAsnLys :    86
               15932 bp          {!}.!.  !:!!  !.!.!:!||| !!|||  !! !
                               +-{u}AsnLysIleLeuAsnArgAspProGlnPheMet
 84530 : ......................at{A}AACAAGATACTGAACAGGGACCCCCAGTTCATG : 68570

    87 : ThrThrThrAspPheLeuLeuCysSerLeuLysSerLeuLeuSerGluIleThrLysTyr :   106
         :!!!.!:!!..!|||! !! !|||  !! !  !..!! !:!!!:!   |||  !||| !!
         SerAsnSerSerPheHisGlnCysValSerLeuAspSerIleAsnThrIleGluLysAsp
 68569 : TCGAATTCCAGCTTTCATCAGTGTGTTTCACTAGATTCCATAAACACTATTGAAAAAGAT : 68510

   107 : ArgAlaLysAsnSerAspAspGluArgIleLeuAlaPheLeuAspAspLeuGlnGlu :   125
         ..!! !|||||||||||||||!!:  !  !|||  !  !  !   |||  !::!|||
         GluGluLysAsnSerAspAspAspAlaGlyLeuGlnAlaAlaThrAspAlaArgGlu
 68509 : GAAGAAAAGAATAGTGACGATGATGCTGGTTTGCAGGCCGCCACAGATGCAAGAGAA : 68451

-- completed exonerate analysis
